Fără puterile oferite de virus, Heller n-ar avea nicio şansă în faţa soldaţilor înarmaţi până în dinţi sau a monştrilor înnebuniţi şi, pe această linie, producătorii au pus la punct un sistem impresionat de evoluţie. Luate la bani mărunţi, apar 5 ramuri principale – Evolutions, Mutations, Powers, Abilities şi Skills. Evoluţia este de fapt avansarea în nivel, mutaţiile se obţin din rezolvarea misiunilor secondare, iar celelalte trei ramuri se deblochează pe măsură ce consumi ADN-ul ţintelor specifice.
La rândul lor, aceste ramuri sunt subîmpărţite în alte categorii – evoluţia are şase direcţii (pentru viteză, salturi, planare în aer, viaţă şi recuperarea ei, pentru schimbarea aspectului fizic – Shapeshifting – şi pentru cantitatea de masă de ADN consumată, plus Finishers pentru distrugerea de tancuri şi elicoptere dintr-o singură lovitură; mutaţiile pot fi ofensive, defensive, pentru deplasare, pentru eficienţa altor puteri şi abilităţi, pentru atacurile speciale (charged attacks) sau cele din categoria Radnet, disponibile doar cu DLC-ul aferent.
Puterile depind de arma pe care o foloseşte Heller, fiecare fiind obţinută prin luptă de la alţi mutanţi cu puteri similare, dar care în mod evident se opun intenţiei eroului nostru de a opri răspândirea virusului. Claws, Tendrils, Blade, Hammerfists şi Whipfist au fiecare un atac normal şi unul special, iar folosirea lor nu este doar utilă, ci şi extrem de spectaculoasă la nivelul carnajului vizual. Abilităţile se obţin cam pe aceeaşi cale şi constau în scut, Biobomb (infectarea unui inamic cu virusul pentru a crea o diversiune de obicei) şi Brawler Pack (controlarea unui grup de mutanţi).
Ultima categorie, Skills, este dedicată folosirii armelor normale şi este îmbunătăţită prin consumarea ţintelor militare aferente. Avem bonusuri pentru tancuri, elicoptere, pentru toate tipurile de puşti şi pentru lansatoarele de rachete şi grenade, portabile sau smulse direct de pe vehiculele blindate.